Partai Komunis Indonesia, dipimpin Musso, melancarkan aksi pemberontakan di Madiun. Informasi tersebut didapat pada tanggal 18 September 1948, dan isinya tertuang dalam bukunya Nasution yang berjudul Memenuhi Panggilan Tugas.

Saat itu, Kolonel Abdul Haris Nasution selaku Kepala Staf Operatif Markas Besar Angkatan Perang Republik Indonesia menemui Presiden Sukarno di Gedung Agung. Gedung tersebut merupakan sebutan dari Istana Kepresidenan Yogyakarta, yang teletak di pusat kota.

Menurut Nasution, Presiden memerintahkan kepada dirinya agar membuat konsep tindakan yang nantinya akan diberlakukan sebagai keputusan presiden. Kemudian Kolonel Nasution menyodorkan rencana aksinya yang berbunyi : “Peristiwa Madiun sebagai pemberontakan harus dilawan.” Kata Harry A. Poeze, wawancaranya dengan Tempo.

Presiden menyetujui rencara aksi dari Kolonel Nasution, dan kemudian memerintahkan Jaksa Agung Tirtawinata untuk memperbaiki kalimatnya dari sisi hukum.

Meskipun demikian, Nasution harus menunggu hasil sidang kabinet terlebih dahulu. Dan, menurut Poeze, semua yang hadir dalam sidang kabinet telah sepakat jika Peristiwa Madiun adalah suatu pemberontakan.

Atas dasar tersebut, kemudian Nasution melaporkan persiapan operasinya kepada Panglima Besar Jenderal Sudirman. Dan, Panglima Besar menyetujuinya, sehingga meminta Nasution serta Letnan Kolonel Soeharto selaku Komandan Brigade X untuk melaporkan perkembangannya esok harinya.

Kemudian pada saat lewat tengah malam, Nasution bergerak, dan berhasil menangkap 200 simpatisan PKI serta tokoh-tokohnya. Percetakkan disegel, wartawannya ditangkap, poster dan spanduk Front Demokrasi dibersihkan.

Semua plakat diganti dengan kalimat yang bunyinya; “Kita hanya mengakui pemerintah Sukarno-Hatta.” Dan, saat menjelang fajar, operasi tersebut berhasil dilaksanakan.