Presiden Sukarno mengatakan: “Negara kita mau dihancurkan. Mari basmi pengacau-pengacau itu.” Sambil berapi-api dalam pidatonya di Yogyakarta menanggapi peristiwa yang terjadi di Madiun.

Kemudian, Sukarno memberikan dua pilihan kepada rakyat, ikut PKI dengan Musso atau ikut Sukarno-Hatta. Situasi Madiun-Yogyakarta terus memanas di akhir September 1948.

Selang 3 jam kemudian usai pidato Presiden, Musso membalasnya melalui Radio Gelora Pemuda dengan mengatakan, Sukarno-Hatta hendak menjual Indonesia kepada imperialis Amerika.

Dan, Musso bersama petinggi Front Demokrasi Rakyat membentuk Front Nasional Daerah Madiun yang wilayahnya menguasai lima kabupaten: Magetan, Madiun, Ponorogo, Ngawi dan Pacitan.

Ada upaya untuk merobohkan pemerintahan yang sah saat itu. Seperti yang disampaikan oleh sejarawan Poeze: “Itu upaya mereka menjadikan Musso sebagai presiden,” katanya.

Meskipun ada upaya membantah tudingan itu, tapi sia-sia. Karena Sukarno terlanjur menunjuk Panglima Besar Jenderal Sudirman untuk mengambil langkah tegas dalam merebut kembali Madiun.

Pada akhir Oktober 1948, Musso diburu dan ditembak mati di Ponorogo, Jawa Timur. Ribuan anggotanya ditangkap dan belasan elitenya saat itu dieksekusi mati. Musso tamat, namun cerita PKI belum selesai, karena muncul pemimpin baru seperti: Aidit, Lukman, dan Njoto.