Sebagai tokoh pergerakan yang kritis dan tidak mau bekerja sama dengan penjajah, Hatta beberapa kali pernah diasingkan dan dibuang oleh pemerintah kolonial. Beberapa tempat pengasingannya antara lain Boven Digul, Pulau Bandadan Pulau Bangka.
Boven Digul merupakan tempat pengasingan pertama Hatta yang terletak di daerah terpencil di pulau Papua. Digul merupakan sebuah tempat terisolir yang sulit dijangkau dan memiliki persediaan makanan yang terbatas.
Berbeda dari tempat pengasingan yang biasanya dijaga super ketat, tempat ini malah tidak memiliki penjagaan. Mereka tidak dikurung di penjara atau dikelilingi kawat berduri. Semua tahanan politik termasuk Hatta dan Syahrir dibiarkan bebas, bahkan diperbolehkan membawa keluarga.
Yang membuat para tahanan merasa tersiksa disini adalah tidak pastinya masa pengasingan, tidak adanya aktivitas dan tidak tahu apa yang harus dilakukan.
Untuk mengantisipasi agar pikiran tetap jernih dan tidak putus asa, beberapa tokoh mencari-cari kesibukan sendiriuntuk mengisi waktu yang panjang. Hatta mengisi waktunya dengan membaca buku, mengajar dan menulis artikel untuk surat kabar.
Sepuluh bulan di Digul, Hatta dan Syahrir kemudian dipindahkan ke Banda Neira, Maluku. Tempat ini lebih aman dan lebih layak karena khusus diperuntukkan untuk tokoh-tokoh intelektual.
Walaupun terus diasingkan, semangat Hatta untuk terus berjuang tidak berkurang sedikitpun. Di Banda, ia tetap kritis menyuarakan gagasan dan pemikirannya lewat tulisan.
Salah satu polemiknya ialah dengan membalas artikel seorang komunis Cina di majalah Sin Tit Poyang menyerangnya dengan anggapan bahwa Hatta adalah seorang Marxis. Ia membalastulisan ini dengan risalah yang berjudul “Marxisme atau Kearifan Sang Epigon?” yang baru dapat diterbitkan dua tahun berikutnya.
Terakhir, ia diasingkan ke Pulau Bangka pada tahun 1948 bersama beberapa tokoh kemerdekaan termasuk Presiden Soekarno. Disini, ia berjuang dengan memberikan pengetahuan dan wawasan tentang pentingnya membangun koperasi untuk menggerakkan ekonomi sehingga di kemudian hari ia dijuluki sebagai Bapak Koperasi.
