Pada tahun 1621, Jakarta yang masih bernama Batavia mengalami banjir besar. Inilah banjir pertama di zaman kolonial Belanda. Akibat hujan yang deras, air meluap dari beberapa sungai, terutama Sungai Ciliwung.

Meskipun penguasa Belanda sudah membangun kanal-kanal untuk meredam banjir sejak dua tahun sebelumnya, namun sistem kanal tidak bisa berfungsi dengan baik karena keberadaan debit air yang sangat besar.

Penguasa Belanda gagal memahami wilayah Batavia, di mana secara geografi dan topografi berbeda dengan kota-kota di Belanda. Seperti diketahui, Batavia terletak di bawah permukaan laut, sehingga sulit mengalirkan air ke laut melalui sistem kanal.

Beberapa kanal malah menjadikan masalah baru, seperti timbulnya bau yang tidak sedap, untuk mengeruk dan membersihkannya membutuhkan waktu yang cukup lama.

Pada saat banjir besar melanda Batavia tahun 1621, terjadi beberapa kerusakan pada permukaan tanah akibat dari lumpur dan batu-batu. Selain itu juga mewabahnya penyakit seperti kolera dan diare.

Banjir besar tersebut, membuat sebagian besar penduduk Batavia menghentikan aktivitasnya. Penduduk sibuk mencari tempat pengungsian. Dan, Gubernur Batavia, JP Coen dibuat tidak berdaya mengatasi banjir tahun 1621.